貸金業の指定信用情報機関は、「株式会社日本信用情報機構（JICC）」と「株式会社シー・アイ・シー（CIC）」になります。
（この両機関は提携関係にあり、FINEという交流ネットワークを利用して情報交流を行っています。）

消費者金融を利用した場合は、上記の指定信用情報機関に利用情報が報告されることになりますが、これら報告された個人の利用情報はあくまで「借入申込者および契約者に係る返済又は支払能力の調査」での利用しか認められていません。

よって質問のように「就職の採用調査」目的で利用されることはありません。
個人情報の目的外利用や個人情報の漏えいに関しては、罰則も含め厳しく管理されています。

現在は、例え金融機関への就職であっても指定信用情報機関を利用した借入額調査はできません。

このようにそもそも借入額調査は行えない状況ですから、不利になることはありません。
（ただし、借入している会社に就職しようとするのは信用情報調査をしなくても自社データでさすがにばれてしまいます。）